Keuskupan Amboina adalah adalah salah satu keuskupan yang terletak di Indonesia, serta merupakan keuskupan sufragan dari provinsi gerejawi yang juga berada dalam kesatuan dengan Keuskupan Agung Makassar dan Keuskupan Manado. Wilayah keuskupan ini mencakup seluruh wilayah geografis Kepulauan Maluku seluas 77.990 km².